Все крайне просто,

через консольную утилиту подключаемся к серверу по ssh

далее 

Устанавливаем необходимые пакеты

CentOS

yum install autoconf gcc zlib-devel

Debian

apt install autoconf gcc zlib1g-dev

Устанавливаем Mongo DB
/opt/php81/bin/pecl install mongodb
где php81 – версия php )))

Создаем модуль
/opt/php81/etc/php.d/mongodb.ini

После этого идем в наш модуль php.ini – в нашем случае /opt/php81/etc/php.ini
и прописываем там 
[Mongo DB]
extension=mongodb.so

примерно так

Далее перезагружаем сервер

Готово